왜구는 주로 조선과 명나라 연안을 침입하여 약탈을 일삼거나, 당시 명나라의 해금 정책으로 인해 어려웠던 무역을 대신하는 밀무역에 종사했습니다.

이들은 일본의 몰락한 무사나 농민, 심지어 중국인들도 포함된 경우가 많았습니다.

센고쿠 시대에는 일부 다이묘(영주)들이 왜구를 후원하며 사략 해적이나 일종의 수군으로 활용하기도 했습니다. 도요토미 히데요시는 일본을 통일한 후 1588년 해적 단속령을 발포하여 왜구의 약탈 행위를 통제하려고 했습니다. 이는 해적 활동을 금지하여 질서를 확립하고, 더 나아가 자신의 대륙 침략 야욕에 필요한 해상 전력을 확보하려는 의도였습니다.

특히 임진왜란 발발과 함께 기존의 해상 세력, 즉 왜구 출신들이 일본 수군에 편입되어 조선 침략에 동원되었습니다. 이들은 해로 안내, 물자 수송, 노획물 확보, 조선인 납치 등에 활용되었습니다.

전쟁이 공식적으로 도요토미 히데요시의 지휘 아래 대규모로 진행되면서, 과거와 같은 개별적인 왜구의 연안 약탈은 크게 줄어들었습니다. 대신 일본군은 국가적인 차원에서 조선을 침략하고 점령지에서 약탈과 수탈을 자행했습니다. 이는 과거의 소규모 해적 행위와는 차원이 다른, 조직적이고 대규모의 수탈이었습니다.